AbstractsBiology & Animal Science

Genetic analysis in various razor shell species of family pharidae, with focus on atlantic "Ensis"

by Joaquín Vierna Fernández




Institution: Universidade da Coruña
Department:
Year: 2014
Keywords: Genética
Record ID: 1124307
Full text PDF: http://dialnet.unirioja.es/servlet/oaites?codigo=41727


Abstract

En esta tesis se ha realizado un estudio genético de un grupo de bivalvos marinos de la familia Pharidae Adams y Adams, 1858, y principalmente de las navajas del género Ensis Schumacher, 1817. El estudio se desarrolla dentro de las áreas de la genética evolutiva, genética poblacional, citogenética, delimitación de especies y DNA barcoding. Las especies de navaja utilizadas fueron seleccionadas debido al interés comercial que muchas especies de Ensis tienen en varias regiones de Europa y América, incluyéndose también el litoral de Galicia. Además, su distribución a ambos lados del Atlántico y en zonas de la costa pacífica de los Estados Unidos, El Perú y Chile hace que sean de interés en estudios filogeográficos. Por último, los problemas en la identificación de las especies a partir de caracteres morfológicos hicieron de este grupo de organismos un buen candidato para el desarrollo de herramientas moleculares y citogenéticas que complementasen los estudios de morfometría. La metodología utilizada varía en cierto modo a lo largo de cada uno de los capítulos que conforman los resultados de la tesis, aunque puede resumirse como sigue: en el capítulo 4.1.1, el ADN ribosomal 5S y el ADN pequeño nuclear U1, que conforman familias génicas de copia múltiple, fueron estudiados mediante un procedimiento de amplificación por PCR, clonación y secuenciación. Todas estas secuencias obtenidas experimentalmente en el laboratorio fueron posteriormente analizadas mediante numerosas herramientas bioinformáticas. En el capítulo 4.1.2, en el que se estudiaron 97 especies de metazoos, la metodología utilizada fue diferente, ya que se utilizaron bases de datos de proyectos genoma y herramientas bioinformáticas de alta capacidad, algunas de las cuales fueron diseñadas expresamente para este trabajo. En el capítulo 4.2 se realizó un estudio citogenético en el que se utilizaron técnicas de microscopía en campo claro y fluorescente, así como la hibridación de sondas fluorescentes sobre los cromosomas de las navajas, que fueron utilizadas como marcadores cromosómicos. Se realizó también la medición y ordenación de los cromosomas por tamaño e índice centromérico, para elaborar los cariotipos. Por último, en los capítulos 4.3 y 4.4 se utilizaron como marcadores moleculares diferentes regiones de los genomas nuclear y mitocondrial, que han sido amplificadas mediante PCR, siendo a veces clonadas, previamente a su secuenciación. Estos marcadores moleculares son fragmentos de los genes mitocondriales citocromo oxidasa subunidad I y ADN ribosomal 16S; fragmentos de los genes nucleares adenina nucleótido translocasa y ADN ribosomal 18S; y la región nuclear que contiene los espaciadores ribosomales ITS1 e ITS2, y el gen ribosomal 5.8S. Algunos de ellos se han empleado solo a nivel poblacional, algunos solo a nivel de especie, mientras que otros se han empleado a ambos niveles. En el capítulo 4.1.1 se estudió el ligamiento entre el ADN ribosomal 5S y el ADN nuclear pequeño U1. Se describieron unidades de ligamiento entre ambas familias multigénicas en 10…