AbstractsBiology & Animal Science

Computational analyses of post-transcriptional regulatory mechanisms

by Sita Johanna Saunders




Institution: Universität Freiburg
Department: Technische Fakultät (bisher: Fak. f. Angew. Wiss.)
Degree: PhD
Year: 2014
Record ID: 1105566
Full text PDF: http://www.freidok.uni-freiburg.de/volltexte/2014/9789/


Abstract

This is a dissertation about computational and statistical analyses of mechanisms in posttranscriptional gene-expression regulation. Gene expression is the process by which the genetic information, stored in a segment of the genome, is used to synthesise a functional gene product; it involves complex regulation at multiple levels. Whereas regulatory control at the DNA level usually involves an on/off mechanism, regulation at the RNA level is more varied and allows for fast and flexible adaptation to changing environmental pressures. Post-transcriptional regulation of RNA generally requires interactions between the RNA and trans-encoded factors, such as other RNAs or RNA-binding proteins. Although interactions frequently occur by chance, they are of little consequence unless the affinity between the RNA and its interacting partner is sufficient to facilitate a binding strong enough for the regulatory process to proceed. Two main properties of RNA affect binding affinities: the nucleotide sequence and its structure. While a trans factor can form interactions with specific nucleotides or sequence of nucleotides, the RNA structure can either enable better access to – or block – the active binding site. An active binding site is called a regulatory recognition element. Diese Dissertation befasst es sich mit der computergestützten und statistischen Analyse von Mechanismen, die in der post-transkriptionellen Regulation der Genexpression aktiv sind. Genexpression ist ein Prozess worin genetische Information, gespeichert auf einem Genomsegment, als Anleitung benutzt wird, um ein Genprodukt herzustellen. Dabei wird dieser Prozess auf mehreren Ebenen in komplexer Weise reguliert. Während die Regulation auf DNA Ebene generell einem An/Aus-Mechanismus folgt, ist die Regulation auf RNA Ebene dagegen vielfältiger und erlaubt eine schnelle und flexible Anpassung an sich stets verändernde Einflüsse der Umgebung. Die post-transkriptionelle Regulation von RNA benötigt fuer gewöhnlich eine Interaktion zwischen der RNA und einem trans-enkodierten Faktor (Transfaktor) wie zum Beispiel einer weiteren RNA oder einem RNA-bindenden Protein. Obwohl Interaktionen häufig zufällig stattfinden, bleiben die meisten ohne Konsequenz, da sie nicht lang genug anhalten. Wenn die Affinität zwischen der RNA und ihrem Interaktionspartner stark genug ist, wird eine stabile Bindung ermöglicht und eine Regulation kann stattfinden. Zwei Eigenschaften der RNA beeinflussen die Bindeaffinität: ihre Nukleotidsequenz und ihre Struktur. Während ein Transfaktor spezifisch an Nukleotiden, oder an eine Sequenz von Nukleotiden, binden kann, wird die aktive Bindestelle von der RNA-Struktur entweder blockiert, oder sie ermöglicht einen besseren Zugang. Eine aktive Bindestelle wird ein regulatorisches Erkennungselement genannt.